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A bioinformatic system for searching functional similarities in 3D structures of proteins
Un système bioinformatique de recherche de similitudes fonctionnelles dans les structures 3D de protéines

Martin Jambon's doctoral thesis
20 June 2003
Translated from French into English

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Abstract

SuMo is a bioinformatic system for comparing 3D structures of proteins. This approach was designed to help along the exploration of structural data by biologists and the formulation of accurate hypotheses concerning the biological implication of proteins.

As opposed to existing approaches in this field, SuMo does not solve a formal problem that would derive from a model for biological function. This allows constant development of the heuristics, by getting closer to intuitive concepts for biological function rather than stick to a mathematical model with poor relevance.

The heuristics that has been developed is based on a representation of macromolecules using chemical groups that are associated with heterogeneous geometrical properties and grouped into triplets.

SuMo can be used directly from the web server sumo-pbil.ibcp.fr. Screening SuMo's database of ligand binding sites allows in a convenient way to discover potential therapeutic targets.

Résumé

SuMo est un système bioinformatique de comparaison de structures 3D de protéines. Le but de cette approche est de faciliter l'exploration des données structurales par les biologistes et la formulation d'hypothèses fines sur l'implication biologique des protéines.

Contrairement aux approches existantes dans ce domaine, SuMo ne s'attache pas à résoudre un problème formel dérivant d'une modélisation de la notion de fonction biologique. Ceci autorise des efforts constants de développement de l'heuristique mise en oeuvre, permettant de se rapprocher des notions intuitives de fonction biologique plutôt que de coller à un modèle mathématique peu réaliste.

L'heuristique développée est basée sur la représentation des macromolécules par des groupements chimiques aux propriétés géométriques hétérogènes et associés en triplets.

L'utilisation de SuMo s'effectue directement à partir du serveur web sumo-pbil.ibcp.fr. Le criblage de la banque de sites de fixation de ligands générée par et pour SuMo permet de repérer de façon conviviale de potentielles cibles thérapeutiques.